どの時点でどのようにデータが違うのでしょうか？
ループ１回目から違いますか？
データ配列の長さは合っていますか？
送信側と受信側のループの実行回数は同じですか？
ループの回転速度に転送速度は間に合っていると考えられますか？
USRPはとりあえず外して、内容の判別がつきやすいシミュレーションデータを作って同じ負荷条件（データポイント数やループの回転速度など）で送受信してみてください。
それで問題なく、USRPのときダメならばUSRPでデータを読み取りまたは書き込みする負荷が影響していると考えられます。
