6035EはPCIだと思うので、大雑把に、基本的にはパソコンの、既に直流化された電源を
もらっていると思います。AC→DCコンバータはリニアにしろスイッチングにしろ、最初に
全波整流しているでしょうから、6035Eの出力そのものが、その電源由来の影響を
受けるのなら、東日本なら100Hzで乗っていると思われます。
(全波整流の絵を描くと分かります)
50Hzノイズで見えているのならば、6035Eの出力段で乗っている、というより、
出たあとのライン上もしくはそれを受けた機器の方で、電源50Hzノイズを受けているか、
または、GND接続が不適切で「グラウンドループ」を作ってしまっていないか、といった
ことがあるかも知れません。
ノイズ退治の専門家ではないので何ともいえませんが、グラウンドは、良かれと思って
何でもかんでもつないでしまうと、かえってグラウンドループを作ってしまい、そこを通る
外来ノイズが誘導で拾われやすくなり、グラウンドループに電流が流れて、入力側で
「電圧変動」に見えることもあるようです。また、シールド線も、シールドを、両方のGNDに
つないでしまったりすると、同様な悪影響を受けたりするようです。
外部で動力系など商用交流のままの50Hzノイズを出している別の機器・装置・設備がいて、
稼動と停止を繰り返している状況はあるでしょうか。
(例えばエアコン。インバータ式はどうなるか良く分かりませんが)
・・・的外れかも知れませんが、もし6035Eで電源ノイズが乗っているなら、
全波整流時の100Hzを受けるのではないかと思いまして。
